Học viện Kỹ thuật mật mã có đào tạo Hệ dân sự, gồm 3 ngành: Công nghệ thông tin, An toàn thông, Kỹ thuật Điện tử - Viễn thông (chuyên ngành Hệ thống nhúng và điều khiển tự động).