Hiện nay, Học viện có 2 cơ sở đào tạo:
- Cơ sở 1: Học viện Kỹ thuật mật mã (mã trường: KMA). Địa chỉ: số 141 đường Chiến Thắng, xã Tân Triều, huyện Thanh Trì, thành phố Hà Nội.
- Cơ sở 2: Phân hiệu Học viện Kỹ thuật mật mã tại Thành phố Hồ Chí Minh (mã trường: KMP). Địa chỉ: số 17A đường Cộng Hòa, Phường 4, quận Tân Bình, Thành phố Hồ Chí Minh.
