Chương trình đào tạo trình độ Thạc sĩ chuyên ngành An toàn thông tin tại Học viện Kỹ thuật mật mã được quy định với khung thời gian đào tạo chính thức là 2 năm, tương đương với 4 học kỳ. Để nhận được tấm bằng, học viên phải hoàn thành tổng khối lượng kiến thức là 60 tín chỉ. Khung thời gian này được thiết kế để đảm bảo truyền tải đầy đủ độ sâu học thuật và yêu cầu nghiên cứu của bậc sau đại học, đồng thời phù hợp với tính chất của người học đa phần là những cán bộ, kỹ sư đã tham gia thị trường lao động.

Cấu trúc của 2 năm đào tạo này được phân bổ thành hai giai đoạn rõ rệt với những khối lượng tín chỉ cụ thể. Trong các học kỳ đầu, học viên sẽ phải hoàn thành từ 45 đến 48 tín chỉ bao gồm các khối kiến thức chung (Triết học, Ngoại ngữ, Phương pháp nghiên cứu khoa học), kiến thức cơ sở chuyên ngành và các học phần chuyên ngành sâu. Việc hoàn thành đúng tiến độ các học phần trên lớp là điều kiện tiên quyết để bước vào giai đoạn cuối.
Học kỳ cuối cùng (học kỳ 4) được dành trọn vẹn cho quá trình nghiên cứu và bảo vệ Luận văn Thạc sĩ. Khối lượng thời gian dành cho luận văn sẽ có sự khác biệt nhỏ tùy thuộc vào định hướng mà người học lựa chọn từ ban đầu:
- Với Định hướng ứng dụng, luận văn chiếm 12 tín chỉ, do chương trình tập trung dung lượng lớn hơn vào các môn học thực chiến trên lớp (như Kiểm thử ATTT, Phân tích mã độc).
- Với Định hướng nghiên cứu, luận văn chiếm 15 tín chỉ, đòi hỏi người học dành nhiều quỹ thời gian hơn để đào sâu luận thuyết, phát triển sản phẩm hoặc sáng tạo kiến thức mới.
Tuy nhiên, có một yếu tố “ẩn” ảnh hưởng trực tiếp đến quỹ thời gian thực tế mà người học cần đặc biệt lưu tâm: nền tảng bằng đại học đầu vào. Quỹ thời gian 2 năm chính thức chỉ áp dụng ngay với những học viên tốt nghiệp ngành Đúng (như An toàn thông tin). Đối với các trường hợp khác, thời gian chuẩn bị sẽ bị kéo dài thêm bởi quy định học bổ sung kiến thức:
- Tốt nghiệp Ngành phù hợp (Công nghệ thông tin, Khoa học máy tính, Kỹ thuật phần mềm…): Phải dành thời gian học bổ sung 6 tín chỉ.
- Tốt nghiệp Ngành gần (Kỹ thuật điện tử, Tự động hóa…): Khối lượng bổ sung lên tới 12 tín chỉ.
- Đặc biệt, dù sở hữu văn bằng đúng ngành hoặc phù hợp, nhưng nếu tính từ thời điểm tốt nghiệp đại học đến khi dự tuyển đã vượt quá 10 năm, học viên vẫn bắt buộc phải quay lại học bổ sung kiến thức trước khi chính thức nhập học.
Nhằm tối ưu hóa quỹ thời gian cho những người đang công tác tại các cơ quan, tổ chức, các chương trình cao học hiện nay thường ưu tiên bố trí lịch giảng dạy ngoài giờ hành chính hoặc vào dịp cuối tuần. Dù vậy, với khối lượng 60 tín chỉ và những yêu cầu khắt khe về đầu ra của một ngành kỹ thuật đặc thù, con số 2 năm này đòi hỏi người học phải có năng lực sắp xếp thứ tự ưu tiên và kỷ luật cá nhân cực kỳ cao để duy trì nhịp độ hoàn thành chương trình.
