a) Đối với đào tạo trình độ đại học, hiện nay Học viện đào tạo 3 ngành:
- Ngành Công nghệ thông tin (mã ngành: 7480201), gồm có 02 chuyên ngành: Kỹ thuật phần mềm nhúng và di động, Công nghệ phần mềm;
- Ngành An toàn thông tin (mã ngành: 7480202), gồm có 03 chuyên ngành: An toàn hệ thống thông tin, Kỹ nghệ an toàn mạng, Công nghệ phần mềm an toàn;
- Ngành Kỹ thuật Điện tử – Viễn thông (mã ngành: 7520207), gồm 02 chuyên ngành: Kỹ thuật mật mã, Hệ thống nhúng và điều khiển tự động (chuyên ngành Kỹ thuật mật mã chỉ đào tạo cho Hệ quân).
b) Đối với đào tạo sau đại học, hiện nay Học viện đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ chuyên ngành Kỹ thuật mật mã và ngành An toàn thông tin. Học viện Kỹ thuật mật mã là cơ sở giáo dục đại học đầu tiên trên cả nước đào tạo trình độ tiến sĩ chuyên ngành An toàn thông tin.
